| Concelho | Novos casos por 100 mil habitantes de 20 de janeiro a 2 de fevereiro | Novos casos registados de 20 de janeiro a 2 de fevereiro |
| Castelo de Vide | 6680 | 195 |
| Penedono | 5789 | 150 |
| Aguiar da Beira | 4751 | 221 |
| São João da Pesqueira | 4730 | 337 |
| Almeida | 4254 | 248 |
| Sernancelhe | 3873 | 209 |
| Fronteira | 3766 | 112 |
| Rio Maior | 3504 | 714 |
| Tábua | 3352 | 381 |
| Boticas | 3081 | 154 |
| Alvaiázere | 3077 | 203 |
| Ansião | 3057 | 368 |
| Setúbal | 2964 | 3412 |
| Alfândega da Fé | 2923 | 133 |
| Sátão | 2850 | 330 |
| Moimenta da Beira | 2825 | 275 |
| Mêda | 2660 | 122 |
| Oliveira de Frades | 2597 | 258 |
| Aljustrel | 2571 | 212 |
| Paredes de Coura | 2566 | 219 |
| Melgaço | 2558 | 207 |
| Castro Marim | 2517 | 157 |
| Vila Flor | 2515 | 152 |
| Caminha | 2507 | 398 |
| Sabugal | 2504 | 265 |
| Penela | 2446 | 132 |
| Manteigas | 2428 | 73 |
| Arganil | 2424 | 267 |
| Coimbra | 2414 | 3239 |
| Sesimbra | 2401 | 1245 |
| Grândola | 2384 | 349 |
| Vila Franca de Xira | 2374 | 3370 |
| Palmela | 2370 | 1523 |
| Sintra | 2370 | 9276 |
| Arcos de Valdevez | 2342 | 490 |
| Ponte da Barca | 2326 | 260 |
| Moura | 2318 | 318 |
| Odivelas | 2315 | 3745 |
| Vila de Rei | 2287 | 76 |
| Estremoz | 2255 | 287 |
| Tarouca | 2255 | 176 |
| Loures | 2206 | 4714 |
| Amadora | 2201 | 4052 |
| Mafra | 2197 | 1863 |
| Penacova | 2169 | 297 |
| Figueira de Castelo Rodrigo | 2167 | 121 |
| Ponte de Lima | 2166 | 895 |
| Vouzela | 2162 | 208 |
| Salvaterra de Magos | 2155 | 459 |
| Viseu | 2152 | 2093 |
| Vila Nova de Paiva | 2134 | 100 |
| Cuba | 2133 | 98 |
| Alcácer do Sal | 2127 | 248 |
| Lisboa | 2123 | 10817 |
| Castanheira de Pêra | 2104 | 55 |
| Mealhada | 2104 | 419 |
| Vila Real de Santo António | 2101 | 394 |
| Castro Daire | 2091 | 289 |
| Seixal | 2086 | 3499 |
| Benavente | 2072 | 634 |
| Resende | 2062 | 209 |
| Alcanena | 2061 | 264 |
| Campo Maior | 2057 | 162 |
| Ferreira do Zêzere | 2035 | 162 |
| Montemor-o-Velho | 2026 | 511 |
| Pinhel | 2009 | 171 |
| Moita | 2004 | 1291 |
| Oeiras | 2004 | 3555 |
| Almada | 2000 | 3381 |
| Arruda dos Vinhos | 1972 | 304 |
| Barreiro | 1960 | 1473 |
| Condeixa-a-Nova | 1929 | 342 |
| Belmonte | 1922 | 123 |
| Fundão | 1921 | 509 |
| Seia | 1920 | 427 |
| Ponte de Sor | 1907 | 286 |
| Alcochete | 1895 | 375 |
| Armamar | 1889 | 109 |
| Póvoa de Varzim | 1889 | 1186 |
| Sever do Vouga | 1889 | 214 |
| Alandroal | 1843 | 92 |
| Miranda do Corvo | 1841 | 234 |
| Vale de Cambra | 1824 | 389 |
| São Pedro do Sul | 1805 | 278 |
| Figueiró dos Vinhos | 1796 | 100 |
| Cantanhede | 1791 | 627 |
| Tondela | 1791 | 472 |
| Barcelos | 1786 | 2075 |
| Vila Nova de Foz Côa | 1784 | 116 |
| Ribeira de Pena | 1779 | 107 |
| Alenquer | 1771 | 780 |
| Sobral de Monte Agraço | 1746 | 186 |
| Covilhã | 1738 | 813 |
| Mirandela | 1728 | 376 |
| Oliveira do Hospital | 1724 | 332 |
| Góis | 1708 | 65 |
| Vinhais | 1704 | 132 |
| Reguengos de Monsaraz | 1697 | 170 |
| Beja | 1689 | 567 |
| Valença | 1685 | 224 |
| Redondo | 1684 | 107 |
| Cascais | 1658 | 3542 |
| Tomar | 1649 | 606 |
| Vila do Conde | 1627 | 1300 |
| Pedrógão Grande | 1613 | 55 |
| Peniche | 1611 | 427 |
| Vila Verde | 1603 | 752 |
| Arronches | 1596 | 45 |
| Mangualde | 1594 | 295 |
| Torres Vedras | 1592 | 1250 |
| Penalva do Castelo | 1588 | 113 |
| Vila Nova de Cerveira | 1582 | 141 |
| Bragança | 1577 | 530 |
| Azambuja | 1576 | 358 |
| Gavião | 1563 | 51 |
| Mértola | 1563 | 96 |
| Lamego | 1559 | 388 |
| Coruche | 1557 | 272 |
| Vieira do Minho | 1554 | 184 |
| Nazaré | 1525 | 216 |
| Monção | 1522 | 272 |
| Santarém | 1520 | 873 |
| Guarda | 1514 | 590 |
| Póvoa de Lanhoso | 1502 | 323 |
| Santa Maria da Feira | 1500 | 2080 |
| Baião | 1493 | 280 |
| Carregal do Sal | 1489 | 138 |
| Porto de Mós | 1487 | 346 |
| Anadia | 1486 | 405 |
| Ovar | 1482 | 804 |
| Pombal | 1479 | 761 |
| Ourém | 1478 | 651 |
| Vila Nova de Famalicão | 1476 | 1944 |
| Oliveira de Azeméis | 1466 | 968 |
| Santa Comba Dão | 1445 | 151 |
| Mogadouro | 1442 | 121 |
| Trancoso | 1442 | 128 |
| Caldas da Rainha | 1439 | 747 |
| Castelo Branco | 1439 | 748 |
| Montijo | 1437 | 828 |
| Pampilhosa da Serra | 1437 | 58 |
| Montemor-o-Novo | 1432 | 224 |
| Espinho | 1430 | 422 |
| São João da Madeira | 1430 | 314 |
| Valpaços | 1417 | 210 |
| Esposende | 1407 | 481 |
| Lourinhã | 1404 | 363 |
| Almeirim | 1388 | 313 |
| Guimarães | 1386 | 2111 |
| Óbidos | 1376 | 163 |
| Fornos de Algodres | 1369 | 62 |
| Trofa | 1364 | 524 |
| Águeda | 1359 | 626 |
| Nelas | 1357 | 176 |
| Murça | 1355 | 74 |
| Viana do Castelo | 1354 | 1143 |
| Elvas | 1349 | 277 |
| Soure | 1338 | 229 |
| Loulé | 1330 | 914 |
| Faro | 1316 | 803 |
| Castro Verde | 1310 | 91 |
| Marvão | 1298 | 39 |
| Bombarral | 1290 | 162 |
| Peso da Régua | 1268 | 200 |
| Alcobaça | 1253 | 671 |
| Miranda do Douro | 1245 | 85 |
| Celorico da Beira | 1241 | 86 |
| Ourique | 1237 | 57 |
| Sardoal | 1230 | 46 |
| Castelo de Paiva | 1229 | 190 |
| Monchique | 1221 | 62 |
| Sabrosa | 1217 | 72 |
| Amarante | 1216 | 647 |
| Fafe | 1211 | 582 |
| Braga | 1204 | 2199 |
| Ílhavo | 1194 | 462 |
| Cartaxo | 1191 | 284 |
| Borba | 1188 | 80 |
| Câmara de Lobos | 1185 | 399 |
| Santiago do Cacém | 1177 | 339 |
| Celorico de Basto | 1166 | 222 |
| Vizela | 1159 | 277 |
| Oliveira do Bairro | 1157 | 281 |
| Vila Real | 1157 | 578 |
| Chamusca | 1142 | 105 |
| Vila Nova de Poiares | 1124 | 78 |
| Freixo de Espada à Cinta | 1122 | 37 |
| Gondomar | 1116 | 1852 |
| Arouca | 1105 | 229 |
| Santo Tirso | 1101 | 749 |
| Gouveia | 1098 | 136 |
| Abrantes | 1096 | 385 |
| Viana do Alentejo | 1088 | 56 |
| Terras de Bouro | 1085 | 69 |
| Aveiro | 1083 | 853 |
| Penamacor | 1073 | 51 |
| Évora | 1068 | 560 |
| Portel | 1064 | 62 |
| Figueira da Foz | 1055 | 620 |
| Arraiolos | 1054 | 73 |
| Olhão | 1054 | 468 |
| Vila Velha de Ródão | 1050 | 33 |
| Lousã | 1049 | 180 |
| Felgueiras | 1044 | 589 |
| Mesão Frio | 1034 | 41 |
| Vila Viçosa | 1032 | 79 |
| Torres Novas | 1031 | 360 |
| Albergaria-a-Velha | 1027 | 248 |
| Batalha | 1021 | 163 |
| Alpiarça | 1020 | 72 |
| Alcoutim | 1019 | 22 |
| Montalegre | 1011 | 91 |
| Leiria | 1008 | 1263 |
| Estarreja | 1000 | 260 |
| Macedo de Cavaleiros | 999 | 145 |
| Murtosa | 992 | 102 |
| Amares | 976 | 177 |
| Vila Nova de Gaia | 976 | 2933 |
| Tabuaço | 961 | 58 |
| Cinfães | 959 | 175 |
| Matosinhos | 956 | 1676 |
| Mira | 947 | 112 |
| Cabeceiras de Basto | 928 | 145 |
| Porto | 928 | 2010 |
| Barrancos | 918 | 15 |
| Vendas Novas | 915 | 103 |
| Tavira | 913 | 224 |
| Chaves | 905 | 356 |
| Vila Pouca de Aguiar | 903 | 108 |
| Entroncamento | 900 | 194 |
| Penafiel | 899 | 627 |
| Valongo | 895 | 872 |
| Lousada | 892 | 417 |
| Sousel | 884 | 39 |
| Santa Marta de Penaguião | 879 | 58 |
| Mação | 878 | 55 |
| Serpa | 874 | 125 |
| Albufeira | 869 | 361 |
| Portalegre | 861 | 191 |
| Vagos | 858 | 195 |
| Alijó | 856 | 91 |
| Mortágua | 852 | 75 |
| Golegã | 843 | 45 |
| Lagos | 843 | 256 |
| Maia | 843 | 1172 |
| Cadaval | 826 | 113 |
| Sines | 817 | 112 |
| Carrazeda de Ansiães | 812 | 46 |
| Monforte | 807 | 24 |
| Vila Nova da Barquinha | 804 | 60 |
| Marco de Canaveses | 800 | 412 |
| São Brás de Alportel | 787 | 82 |
| Ferreira do Alentejo | 778 | 61 |
| Paredes | 762 | 656 |
| Alter do Chão | 758 | 24 |
| Santa Cruz | 757 | 343 |
| Marinha Grande | 756 | 291 |
| Oleiros | 740 | 37 |
| Odemira | 732 | 181 |
| Silves | 726 | 263 |
| Mondim de Basto | 720 | 50 |
| Nisa | 709 | 43 |
| Idanha-a-Nova | 696 | 56 |
| Ribeira Grande | 661 | 217 |
| Sertã | 652 | 95 |
| Constância | 645 | 26 |
| Portimão | 640 | 355 |
| Paços de Ferreira | 628 | 356 |
| Torre de Moncorvo | 598 | 46 |
| Almodôvar | 595 | 40 |
| Mora | 580 | 24 |
| Crato | 575 | 18 |
| Machico | 556 | 111 |
| Mourão | 531 | 13 |
| Funchal | 504 | 524 |
| Lagoa | 496 | 113 |
| Vila Franca do Campo | 480 | 53 |
| Vidigueira | 472 | 26 |
| Avis | 471 | 20 |
| Vimioso | 447 | 18 |
| Alvito | 444 | 11 |
| Corvo | 431 | 2 |
| Calheta | 405 | 44 |
| Proença-a-Nova | 397 | 29 |
| Ponta do Sol | 372 | 32 |
| Ribeira Brava | 354 | 44 |
| Porto Santo | 288 | 15 |
| Vila do Bispo | 233 | 12 |
| Horta | 200 | 29 |
| Santa Cruz das Flores | 185 | 4 |
| Povoação | 135 | 8 |
| Lajes do Pico | 134 | 6 |
| Santana | 134 | 9 |
| Porto Moniz | 128 | 3 |
| Aljezur | 125 | 7 |
| Ponta Delgada | 122 | 83 |
| Madalena | 119 | 7 |
| Praia da Vitória | 117 | 25 |
| Angra do Heroísmo | 109 | 37 |
| Nordeste | 82 | 4 |
| São Vicente | 78 | 4 |
| Lajes das Flores | 68 | 1 |
| São Roque do Pico | 61 | 2 |
| Lagoa - Açores | 54 | 8 |
| Vila do Porto | 53 | 3 |
| Santa Cruz da Graciosa | 48 | 2 |
| Calheta - Açores | 31 | 1 |
| Velas | 0 | 0 |