| Concelho | Percentagem da população infetada até 2 de fevereiro | Total de casos registados até 2 de fevereiro |
| Aguiar da Beira | 14,70 | 684 |
| Lousada | 11,89 | 5557 |
| Paços de Ferreira | 11,63 | 6600 |
| Figueira de Castelo Rodrigo | 11,60 | 648 |
| Castelo de Vide | 11,51 | 336 |
| Cuba | 11,45 | 526 |
| Guimarães | 11,31 | 17219 |
| Póvoa de Varzim | 10,84 | 6806 |
| Vimioso | 10,51 | 423 |
| Vila do Conde | 10,44 | 8344 |
| Vila Nova de Famalicão | 10,37 | 13661 |
| Mêda | 10,12 | 464 |
| Sernancelhe | 10,04 | 542 |
| Alfândega da Fé | 9,98 | 454 |
| Felgueiras | 9,92 | 5595 |
| Vizela | 9,90 | 2366 |
| Armamar | 9,85 | 568 |
| Póvoa de Lanhoso | 9,80 | 2107 |
| Barcelos | 9,75 | 11332 |
| Miranda do Douro | 9,75 | 666 |
| Trofa | 9,70 | 3727 |
| Pinhel | 9,59 | 816 |
| Penedono | 9,49 | 246 |
| Santo Tirso | 9,48 | 6455 |
| Esposende | 9,36 | 3198 |
| São João da Pesqueira | 9,33 | 665 |
| Manteigas | 9,18 | 276 |
| Caminha | 9,13 | 1450 |
| Fafe | 9,04 | 4345 |
| Fornos de Algodres | 9,01 | 408 |
| Tábua | 9,01 | 1024 |
| Gavião | 8,98 | 293 |
| Boticas | 8,92 | 446 |
| Mourão | 8,86 | 217 |
| Chaves | 8,81 | 3465 |
| Mora | 8,75 | 362 |
| Marvão | 8,69 | 261 |
| Santa Maria da Feira | 8,63 | 11959 |
| Vieira do Minho | 8,61 | 1020 |
| Bragança | 8,60 | 2889 |
| Setúbal | 8,55 | 9842 |
| Ovar | 8,49 | 4607 |
| Mogadouro | 8,45 | 709 |
| Mondim de Basto | 8,44 | 586 |
| Penafiel | 8,44 | 5886 |
| Rio Maior | 8,41 | 1713 |
| Loures | 8,37 | 17878 |
| Paredes | 8,34 | 7178 |
| São João da Madeira | 8,33 | 1830 |
| Lisboa | 8,24 | 42009 |
| Vila Verde | 8,23 | 3860 |
| Freixo de Espada à Cinta | 8,16 | 269 |
| Oliveira de Azeméis | 8,11 | 5352 |
| Vila Nova de Paiva | 8,11 | 380 |
| Alter do Chão | 8,09 | 256 |
| Braga | 8,08 | 14756 |
| Ponte da Barca | 8,08 | 903 |
| Alcácer do Sal | 8,07 | 941 |
| Odivelas | 8,05 | 13019 |
| Ansião | 8,02 | 966 |
| Belmonte | 8,02 | 513 |
| Sintra | 7,96 | 31174 |
| Amarante | 7,94 | 4223 |
| Moimenta da Beira | 7,89 | 768 |
| Sever do Vouga | 7,85 | 890 |
| Penacova | 7,84 | 1074 |
| Amadora | 7,83 | 14422 |
| Sátão | 7,81 | 904 |
| Figueiró dos Vinhos | 7,78 | 433 |
| Vila Franca de Xira | 7,75 | 11008 |
| Guarda | 7,75 | 3019 |
| Penamacor | 7,68 | 365 |
| Reguengos de Monsaraz | 7,66 | 767 |
| Miranda do Corvo | 7,64 | 971 |
| Castro Daire | 7,60 | 1051 |
| Murtosa | 7,56 | 777 |
| Valongo | 7,52 | 7332 |
| Almeida | 7,48 | 436 |
| Espinho | 7,45 | 2200 |
| Vila Nova de Poiares | 7,44 | 516 |
| Penalva do Castelo | 7,43 | 529 |
| Borba | 7,42 | 500 |
| Porto | 7,42 | 16069 |
| Arouca | 7,38 | 1530 |
| Gondomar | 7,37 | 12238 |
| Vouzela | 7,33 | 705 |
| Trancoso | 7,31 | 649 |
| Macedo de Cavaleiros | 7,30 | 1060 |
| Vale de Cambra | 7,30 | 1556 |
| Almada | 7,28 | 12298 |
| Mealhada | 7,27 | 1448 |
| Oliveira de Frades | 7,26 | 721 |
| Crato | 7,25 | 227 |
| Mangualde | 7,25 | 1342 |
| Montalegre | 7,24 | 651 |
| Arcos de Valdevez | 7,24 | 1514 |
| Marco de Canaveses | 7,23 | 3721 |
| Nisa | 7,21 | 437 |
| Ferreira do Zêzere | 7,16 | 570 |
| Cinfães | 7,16 | 1306 |
| Valença | 7,08 | 941 |
| Estremoz | 7,08 | 901 |
| Lamego | 7,07 | 1761 |
| Matosinhos | 7,06 | 12380 |
| Mafra | 7,04 | 5971 |
| Coimbra | 7,02 | 9419 |
| Moita | 7,01 | 4516 |
| Murça | 6,97 | 381 |
| Tabuaço | 6,96 | 420 |
| Amares | 6,96 | 1262 |
| Ponte de Lima | 6,89 | 2845 |
| Góis | 6,89 | 262 |
| Alvaiázere | 6,85 | 452 |
| Valpaços | 6,85 | 1015 |
| Peso da Régua | 6,85 | 1080 |
| Melgaço | 6,83 | 553 |
| Vila Pouca de Aguiar | 6,83 | 817 |
| Celorico da Beira | 6,83 | 473 |
| Anadia | 6,77 | 1846 |
| Condeixa-a-Nova | 6,74 | 1196 |
| Tarouca | 6,74 | 526 |
| Viseu | 6,70 | 6512 |
| Seixal | 6,69 | 11220 |
| Baião | 6,68 | 1252 |
| Pampilhosa da Serra | 6,66 | 269 |
| Vila Nova de Gaia | 6,65 | 19979 |
| Palmela | 6,63 | 4260 |
| Barreiro | 6,63 | 4979 |
| Arruda dos Vinhos | 6,61 | 1018 |
| Sabugal | 6,58 | 696 |
| Arganil | 6,55 | 721 |
| Oeiras | 6,55 | 11612 |
| Fronteira | 6,52 | 194 |
| Azambuja | 6,52 | 1481 |
| Cascais | 6,52 | 13922 |
| Viana do Alentejo | 6,51 | 335 |
| Nelas | 6,50 | 843 |
| Alenquer | 6,49 | 2857 |
| Vila Flor | 6,47 | 391 |
| Alcanena | 6,43 | 824 |
| Montemor-o-Novo | 6,43 | 1006 |
| Maia | 6,37 | 8857 |
| Cantanhede | 6,37 | 2231 |
| Paredes de Coura | 6,34 | 541 |
| Celorico de Basto | 6,33 | 1206 |
| Fundão | 6,33 | 1678 |
| Águeda | 6,33 | 2915 |
| Seia | 6,31 | 1403 |
| Ribeira de Pena | 6,30 | 379 |
| Idanha-a-Nova | 6,28 | 505 |
| Benavente | 6,22 | 1902 |
| Santarém | 6,21 | 3568 |
| Vila Real | 6,21 | 3102 |
| Alcochete | 6,13 | 1213 |
| São Pedro do Sul | 6,12 | 943 |
| Elvas | 6,00 | 1232 |
| Terras de Bouro | 5,99 | 381 |
| Sesimbra | 5,98 | 3103 |
| Sobral de Monte Agraço | 5,97 | 636 |
| Mação | 5,97 | 374 |
| Vila Nova de Foz Côa | 5,97 | 388 |
| Ourém | 5,96 | 2623 |
| Portalegre | 5,94 | 1316 |
| Mértola | 5,91 | 363 |
| Tavira | 5,90 | 1447 |
| Santa Marta de Penaguião | 5,89 | 389 |
| Torres Vedras | 5,89 | 4627 |
| Grândola | 5,89 | 862 |
| Monforte | 5,88 | 175 |
| Alandroal | 5,81 | 290 |
| Oliveira do Hospital | 5,79 | 1115 |
| Ílhavo | 5,78 | 2237 |
| Vila Nova de Cerveira | 5,76 | 513 |
| Pedrógão Grande | 5,69 | 194 |
| Castelo de Paiva | 5,67 | 877 |
| Tomar | 5,67 | 2085 |
| Beja | 5,60 | 1882 |
| Redondo | 5,59 | 355 |
| Salvaterra de Magos | 5,56 | 1184 |
| Porto de Mós | 5,56 | 1294 |
| Castelo Branco | 5,56 | 2889 |
| Évora | 5,55 | 2911 |
| Estarreja | 5,55 | 1443 |
| Penela | 5,54 | 299 |
| Peniche | 5,53 | 1465 |
| Resende | 5,52 | 560 |
| Viana do Castelo | 5,48 | 4630 |
| Pombal | 5,48 | 2818 |
| Tondela | 5,47 | 1443 |
| Vinhais | 5,41 | 419 |
| Cabeceiras de Basto | 5,40 | 844 |
| Campo Maior | 5,37 | 423 |
| Mirandela | 5,36 | 1166 |
| Oliveira do Bairro | 5,36 | 1301 |
| Covilhã | 5,36 | 2507 |
| Mortágua | 5,33 | 469 |
| Moura | 5,31 | 729 |
| Aveiro | 5,31 | 4183 |
| Montemor-o-Velho | 5,26 | 1328 |
| Torres Novas | 5,26 | 1836 |
| Vila Real de Santo António | 5,14 | 963 |
| Montijo | 5,14 | 2959 |
| Monção | 5,11 | 913 |
| Castro Marim | 5,07 | 316 |
| Arraiolos | 5,05 | 350 |
| Carregal do Sal | 4,95 | 459 |
| Vila Viçosa | 4,95 | 379 |
| Almeirim | 4,93 | 1112 |
| Coruche | 4,90 | 856 |
| Arronches | 4,86 | 137 |
| Ponte de Sor | 4,85 | 727 |
| Albergaria-a-Velha | 4,79 | 1157 |
| Alijó | 4,76 | 506 |
| Albufeira | 4,74 | 1967 |
| Vendas Novas | 4,73 | 532 |
| Chamusca | 4,72 | 434 |
| Alcobaça | 4,68 | 2507 |
| Leiria | 4,65 | 5822 |
| Ourique | 4,65 | 214 |
| Soure | 4,63 | 793 |
| Figueira da Foz | 4,62 | 2713 |
| Faro | 4,59 | 2803 |
| Loulé | 4,58 | 3145 |
| Santa Comba Dão | 4,52 | 472 |
| Entroncamento | 4,50 | 971 |
| Cartaxo | 4,44 | 1058 |
| Caldas da Rainha | 4,35 | 2259 |
| Aljustrel | 4,30 | 355 |
| Batalha | 4,28 | 683 |
| Óbidos | 4,21 | 499 |
| Gouveia | 4,14 | 513 |
| Vagos | 4,11 | 935 |
| Mira | 4,09 | 484 |
| Sabrosa | 4,07 | 241 |
| Lousã | 4,07 | 698 |
| Nazaré | 4,07 | 576 |
| Lagos | 3,94 | 1197 |
| Mesão Frio | 3,86 | 153 |
| Vidigueira | 3,85 | 212 |
| Abrantes | 3,85 | 1351 |
| Lourinhã | 3,84 | 992 |
| Portel | 3,77 | 220 |
| Sertã | 3,77 | 550 |
| Castanheira de Pêra | 3,75 | 98 |
| Constância | 3,75 | 151 |
| Marinha Grande | 3,69 | 1421 |
| Vila Franca do Campo | 3,67 | 406 |
| Ribeira Grande | 3,66 | 1202 |
| Golegã | 3,65 | 195 |
| Serpa | 3,65 | 522 |
| Torre de Moncorvo | 3,60 | 277 |
| Sardoal | 3,53 | 132 |
| Sines | 3,50 | 480 |
| Odemira | 3,49 | 862 |
| Vila de Rei | 3,43 | 114 |
| Almodôvar | 3,36 | 226 |
| Sousel | 3,35 | 148 |
| Bombarral | 3,35 | 421 |
| Olhão | 3,30 | 1465 |
| Vila Nova da Barquinha | 3,19 | 238 |
| Câmara de Lobos | 3,18 | 1072 |
| Alpiarça | 3,16 | 223 |
| Barrancos | 3,12 | 51 |
| Vila Velha de Ródão | 3,12 | 98 |
| Portimão | 3,11 | 1724 |
| Ferreira do Alentejo | 3,10 | 243 |
| Oleiros | 3,04 | 152 |
| Cadaval | 3,02 | 413 |
| Alvito | 2,99 | 74 |
| Silves | 2,91 | 1054 |
| São Brás de Alportel | 2,91 | 303 |
| Castro Verde | 2,83 | 197 |
| Alcoutim | 2,83 | 61 |
| Avis | 2,80 | 119 |
| Santiago do Cacém | 2,73 | 785 |
| Lagoa | 2,40 | 547 |
| Vila do Bispo | 2,39 | 123 |
| Proença-a-Nova | 2,34 | 171 |
| Monchique | 2,27 | 115 |
| Santa Cruz | 1,99 | 900 |
| Carrazeda de Ansiães | 1,76 | 100 |
| Machico | 1,61 | 322 |
| Porto Santo | 1,56 | 81 |
| Funchal | 1,51 | 1569 |
| Lagoa - Açores | 1,45 | 213 |
| Ribeira Brava | 1,41 | 175 |
| Nordeste | 1,17 | 57 |
| Povoação | 1,15 | 68 |
| Ponta Delgada | 1,13 | 765 |
| Aljezur | 1,09 | 61 |
| Ponta do Sol | 1,05 | 90 |
| Angra do Heroísmo | 1,03 | 348 |
| Santana | 1,03 | 69 |
| Porto Moniz | 0,98 | 23 |
| Calheta | 0,93 | 101 |
| Calheta - Açores | 0,82 | 26 |
| Praia da Vitória | 0,81 | 173 |
| São Vicente | 0,68 | 35 |
| Horta | 0,46 | 67 |
| Corvo | 0,43 | 2 |
| Velas | 0,37 | 19 |
| Santa Cruz da Graciosa | 0,36 | 15 |
| Madalena | 0,34 | 20 |
| Vila do Porto | 0,34 | 19 |
| Santa Cruz das Flores | 0,32 | 7 |
| São Roque do Pico | 0,31 | 10 |
| Lajes das Flores | 0,21 | 3 |
| Lajes do Pico | 0,16 | 7 |