| Concelho | Percentagem da população infetada de 5 de janeiro a 2 de fevereiro | Novos casos de 5 de janeiro a 2 de fevereiro | Total de casos até 2 de fevereiro |
| Aguiar da Beira | 11,01 | 512 | 684 |
| Cuba | 8,36 | 384 | 526 |
| Castelo de Vide | 8,15 | 238 | 336 |
| Penedono | 7,95 | 206 | 246 |
| Figueira de Castelo Rodrigo | 7,70 | 430 | 648 |
| Sernancelhe | 7,10 | 383 | 542 |
| São João da Pesqueira | 6,89 | 491 | 665 |
| Tábua | 6,34 | 721 | 1024 |
| Mêda | 5,63 | 258 | 464 |
| Fornos de Algodres | 5,57 | 252 | 408 |
| Moimenta da Beira | 5,54 | 539 | 768 |
| Almeida | 5,42 | 316 | 436 |
| Alcácer do Sal | 5,40 | 630 | 941 |
| Ferreira do Zêzere | 5,39 | 429 | 570 |
| Penalva do Castelo | 5,37 | 382 | 529 |
| Boticas | 5,32 | 266 | 446 |
| Vouzela | 5,29 | 509 | 705 |
| Sátão | 5,27 | 610 | 904 |
| Rio Maior | 5,26 | 1071 | 1713 |
| Alfândega da Fé | 5,23 | 238 | 454 |
| Ansião | 5,21 | 627 | 966 |
| Setúbal | 5,19 | 5976 | 9842 |
| Fronteira | 5,18 | 154 | 194 |
| Góis | 5,13 | 195 | 262 |
| Caminha | 5,02 | 797 | 1450 |
| Alter do Chão | 4,99 | 158 | 256 |
| Oliveira de Frades | 4,90 | 487 | 721 |
| Borba | 4,84 | 326 | 500 |
| Estremoz | 4,75 | 604 | 901 |
| Vila Nova de Paiva | 4,74 | 222 | 380 |
| Ponte da Barca | 4,66 | 521 | 903 |
| Pampilhosa da Serra | 4,63 | 187 | 269 |
| Penacova | 4,61 | 631 | 1074 |
| Arcos de Valdevez | 4,59 | 961 | 1514 |
| Pinhel | 4,48 | 381 | 816 |
| Melgaço | 4,46 | 361 | 553 |
| Paredes de Coura | 4,45 | 380 | 541 |
| Tarouca | 4,40 | 343 | 526 |
| Alvaiázere | 4,37 | 288 | 452 |
| Mogadouro | 4,36 | 366 | 709 |
| Vila Nova de Poiares | 4,27 | 296 | 516 |
| Castro Daire | 4,15 | 573 | 1051 |
| Palmela | 4,10 | 2632 | 4260 |
| Mealhada | 4,09 | 815 | 1448 |
| Arganil | 4,02 | 443 | 721 |
| Sever do Vouga | 3,97 | 450 | 890 |
| Armamar | 3,95 | 228 | 568 |
| Vila Flor | 3,92 | 237 | 391 |
| Coimbra | 3,92 | 5255 | 9419 |
| Campo Maior | 3,91 | 308 | 423 |
| Moura | 3,86 | 530 | 729 |
| São Pedro do Sul | 3,86 | 595 | 943 |
| Vila Franca de Xira | 3,86 | 5474 | 11008 |
| Figueiró dos Vinhos | 3,83 | 213 | 433 |
| Tondela | 3,82 | 1007 | 1443 |
| Pedrógão Grande | 3,81 | 130 | 194 |
| Ponte de Lima | 3,80 | 1570 | 2845 |
| Viseu | 3,80 | 3694 | 6512 |
| Mafra | 3,80 | 3219 | 5971 |
| Odivelas | 3,78 | 6113 | 13019 |
| Sintra | 3,75 | 14666 | 31174 |
| Alandroal | 3,75 | 187 | 290 |
| Benavente | 3,72 | 1137 | 1902 |
| Trancoso | 3,71 | 329 | 649 |
| Reguengos de Monsaraz | 3,69 | 370 | 767 |
| Ribeira de Pena | 3,69 | 222 | 379 |
| Castro Marim | 3,69 | 230 | 316 |
| Tomar | 3,67 | 1350 | 2085 |
| Loures | 3,66 | 7819 | 17878 |
| Arruda dos Vinhos | 3,65 | 563 | 1018 |
| Alcanena | 3,63 | 465 | 824 |
| Manteigas | 3,63 | 109 | 276 |
| Ponte de Sor | 3,57 | 536 | 727 |
| Sabugal | 3,55 | 376 | 696 |
| Arronches | 3,55 | 100 | 137 |
| Viana do Alentejo | 3,54 | 182 | 335 |
| Amadora | 3,53 | 6493 | 14422 |
| Lisboa | 3,53 | 17971 | 42009 |
| Nelas | 3,52 | 456 | 843 |
| Vila Nova de Cerveira | 3,51 | 313 | 513 |
| Salvaterra de Magos | 3,50 | 745 | 1184 |
| Póvoa de Varzim | 3,49 | 2189 | 6806 |
| Miranda do Douro | 3,49 | 238 | 666 |
| Vila Nova de Foz Côa | 3,48 | 226 | 388 |
| Sesimbra | 3,45 | 1789 | 3103 |
| Aljustrel | 3,44 | 284 | 355 |
| Barcelos | 3,41 | 3963 | 11332 |
| Beja | 3,37 | 1131 | 1882 |
| Moita | 3,36 | 2161 | 4516 |
| Miranda do Corvo | 3,34 | 425 | 971 |
| Fundão | 3,33 | 882 | 1678 |
| Mangualde | 3,33 | 616 | 1342 |
| Esposende | 3,31 | 1132 | 3198 |
| Almada | 3,29 | 5563 | 12298 |
| Ourém | 3,27 | 1442 | 2623 |
| Vila do Conde | 3,26 | 2608 | 8344 |
| Vieira do Minho | 3,23 | 383 | 1020 |
| Póvoa de Lanhoso | 3,23 | 695 | 2107 |
| Elvas | 3,23 | 663 | 1232 |
| Nisa | 3,22 | 195 | 437 |
| Torres Vedras | 3,21 | 2524 | 4627 |
| Grândola | 3,21 | 470 | 862 |
| Seixal | 3,20 | 5363 | 11220 |
| Murtosa | 3,19 | 328 | 777 |
| Vila Real de Santo António | 3,18 | 597 | 963 |
| Barreiro | 3,18 | 2387 | 4979 |
| Almeirim | 3,17 | 715 | 1112 |
| Condeixa-a-Nova | 3,17 | 562 | 1196 |
| Pombal | 3,17 | 1631 | 2818 |
| Arraiolos | 3,16 | 219 | 350 |
| Penela | 3,15 | 170 | 299 |
| Seia | 3,14 | 699 | 1403 |
| Cantanhede | 3,14 | 1100 | 2231 |
| Vila Verde | 3,14 | 1471 | 3860 |
| Oeiras | 3,13 | 5553 | 11612 |
| Vale de Cambra | 3,11 | 664 | 1556 |
| Lamego | 3,08 | 766 | 1761 |
| Guarda | 3,07 | 1198 | 3019 |
| Ovar | 3,07 | 1665 | 4607 |
| Tavira | 3,06 | 750 | 1447 |
| Montemor-o-Novo | 3,02 | 472 | 1006 |
| Celorico da Beira | 3,00 | 208 | 473 |
| Peso da Régua | 3,00 | 473 | 1080 |
| Santa Maria da Feira | 3,00 | 4152 | 11959 |
| Alcochete | 2,99 | 592 | 1213 |
| Murça | 2,98 | 163 | 381 |
| Sobral de Monte Agraço | 2,97 | 316 | 636 |
| Redondo | 2,96 | 188 | 355 |
| Monforte | 2,96 | 88 | 175 |
| Anadia | 2,96 | 806 | 1846 |
| Bragança | 2,95 | 991 | 2889 |
| Belmonte | 2,94 | 188 | 513 |
| Carregal do Sal | 2,93 | 272 | 459 |
| Montemor-o-Velho | 2,93 | 740 | 1328 |
| Oliveira do Hospital | 2,93 | 565 | 1115 |
| Santarém | 2,92 | 1676 | 3568 |
| Peniche | 2,91 | 772 | 1465 |
| Vila Viçosa | 2,91 | 223 | 379 |
| Porto de Mós | 2,91 | 676 | 1294 |
| Valença | 2,90 | 385 | 941 |
| Vila Nova de Famalicão | 2,88 | 3795 | 13661 |
| Águeda | 2,87 | 1321 | 2915 |
| Mirandela | 2,85 | 620 | 1166 |
| Vinhais | 2,83 | 219 | 419 |
| Alenquer | 2,80 | 1235 | 2857 |
| São João da Madeira | 2,78 | 611 | 1830 |
| Valpaços | 2,76 | 409 | 1015 |
| Covilhã | 2,76 | 1290 | 2507 |
| Celorico de Basto | 2,76 | 525 | 1206 |
| Ourique | 2,76 | 127 | 214 |
| Mértola | 2,75 | 169 | 363 |
| Guimarães | 2,75 | 4187 | 17219 |
| Cascais | 2,75 | 5868 | 13922 |
| Castelo Branco | 2,74 | 1425 | 2889 |
| Loulé | 2,74 | 1880 | 3145 |
| Mação | 2,73 | 171 | 374 |
| Santa Comba Dão | 2,68 | 280 | 472 |
| Vila de Rei | 2,68 | 89 | 114 |
| Oliveira de Azeméis | 2,67 | 1762 | 5352 |
| Torres Novas | 2,66 | 929 | 1836 |
| Alcobaça | 2,64 | 1412 | 2507 |
| Gavião | 2,64 | 86 | 293 |
| Viana do Castelo | 2,62 | 2211 | 4630 |
| Azambuja | 2,59 | 588 | 1481 |
| Santo Tirso | 2,54 | 1727 | 6455 |
| Nazaré | 2,54 | 359 | 576 |
| Arouca | 2,51 | 520 | 1530 |
| Estarreja | 2,51 | 652 | 1443 |
| Coruche | 2,48 | 434 | 856 |
| Baião | 2,47 | 464 | 1252 |
| Faro | 2,47 | 1509 | 2803 |
| Vendas Novas | 2,47 | 278 | 532 |
| Montijo | 2,45 | 1412 | 2959 |
| Trofa | 2,45 | 941 | 3727 |
| Barrancos | 2,45 | 40 | 51 |
| Castanheira de Pêra | 2,45 | 64 | 98 |
| Santa Marta de Penaguião | 2,43 | 160 | 389 |
| Monção | 2,42 | 432 | 913 |
| Resende | 2,41 | 244 | 560 |
| Óbidos | 2,41 | 285 | 499 |
| Braga | 2,40 | 4381 | 14756 |
| Marvão | 2,40 | 72 | 261 |
| Montalegre | 2,39 | 215 | 651 |
| Penamacor | 2,38 | 113 | 365 |
| Oliveira do Bairro | 2,36 | 572 | 1301 |
| Terras de Bouro | 2,34 | 149 | 381 |
| Portel | 2,33 | 136 | 220 |
| Albufeira | 2,33 | 966 | 1967 |
| Fafe | 2,32 | 1117 | 4345 |
| Amarante | 2,31 | 1230 | 4223 |
| Espinho | 2,31 | 682 | 2200 |
| Caldas da Rainha | 2,27 | 1176 | 2259 |
| Gondomar | 2,26 | 3753 | 12238 |
| Entroncamento | 2,25 | 486 | 971 |
| Vila Real | 2,25 | 1126 | 3102 |
| Ribeira Grande | 2,25 | 739 | 1202 |
| Soure | 2,23 | 382 | 793 |
| Chaves | 2,23 | 877 | 3465 |
| Évora | 2,22 | 1165 | 2911 |
| Ílhavo | 2,22 | 859 | 2237 |
| Almodôvar | 2,20 | 148 | 226 |
| Batalha | 2,20 | 351 | 683 |
| Felgueiras | 2,17 | 1226 | 5595 |
| Câmara de Lobos | 2,17 | 729 | 1072 |
| Lourinhã | 2,16 | 558 | 992 |
| Leiria | 2,16 | 2700 | 5822 |
| Macedo de Cavaleiros | 2,14 | 311 | 1060 |
| Aveiro | 2,14 | 1683 | 4183 |
| Amares | 2,10 | 381 | 1262 |
| Alvito | 2,10 | 52 | 74 |
| Sertã | 2,09 | 305 | 550 |
| Ferreira do Alentejo | 2,08 | 163 | 243 |
| Gouveia | 2,06 | 255 | 513 |
| Vizela | 2,06 | 492 | 2366 |
| Lousã | 2,06 | 353 | 698 |
| Castelo de Paiva | 2,05 | 317 | 877 |
| Albergaria-a-Velha | 2,05 | 494 | 1157 |
| Cabeceiras de Basto | 2,04 | 318 | 844 |
| Sabrosa | 2,03 | 120 | 241 |
| Bombarral | 2,02 | 254 | 421 |
| Chamusca | 2,02 | 186 | 434 |
| Idanha-a-Nova | 2,01 | 162 | 505 |
| Mortágua | 2,01 | 177 | 469 |
| Tabuaço | 1,99 | 120 | 420 |
| Abrantes | 1,97 | 691 | 1351 |
| Olhão | 1,94 | 861 | 1465 |
| Figueira da Foz | 1,94 | 1139 | 2713 |
| Mora | 1,93 | 80 | 362 |
| Cartaxo | 1,90 | 453 | 1058 |
| Valongo | 1,90 | 1849 | 7332 |
| Matosinhos | 1,86 | 3253 | 12380 |
| Porto | 1,85 | 3999 | 16069 |
| Alijó | 1,83 | 194 | 506 |
| Cinfães | 1,83 | 333 | 1306 |
| Penafiel | 1,83 | 1273 | 5886 |
| Vila Pouca de Aguiar | 1,77 | 212 | 817 |
| Castro Verde | 1,77 | 123 | 197 |
| Vila Nova de Gaia | 1,77 | 5312 | 19979 |
| Marinha Grande | 1,76 | 677 | 1421 |
| Mesão Frio | 1,74 | 69 | 153 |
| Vagos | 1,73 | 394 | 935 |
| Mira | 1,72 | 203 | 484 |
| Alpiarça | 1,70 | 120 | 223 |
| Constância | 1,69 | 68 | 151 |
| Sardoal | 1,68 | 63 | 132 |
| Portalegre | 1,68 | 372 | 1316 |
| Sousel | 1,68 | 74 | 148 |
| Golegã | 1,67 | 89 | 195 |
| Santiago do Cacém | 1,66 | 478 | 785 |
| Mondim de Basto | 1,66 | 115 | 586 |
| Alcoutim | 1,62 | 35 | 61 |
| Maia | 1,62 | 2250 | 8857 |
| Paredes | 1,62 | 1393 | 7178 |
| Lousada | 1,59 | 743 | 5557 |
| Lagos | 1,58 | 479 | 1197 |
| Crato | 1,57 | 49 | 227 |
| Vila Franca do Campo | 1,56 | 172 | 406 |
| Vila Velha de Ródão | 1,53 | 48 | 98 |
| Vila Nova da Barquinha | 1,51 | 113 | 238 |
| Marco de Canaveses | 1,49 | 767 | 3721 |
| Freixo de Espada à Cinta | 1,49 | 49 | 269 |
| Sines | 1,46 | 200 | 480 |
| Vimioso | 1,44 | 58 | 423 |
| Serpa | 1,43 | 205 | 522 |
| Cadaval | 1,42 | 194 | 413 |
| Silves | 1,41 | 509 | 1054 |
| Vidigueira | 1,40 | 77 | 212 |
| Oleiros | 1,36 | 68 | 152 |
| Mourão | 1,35 | 33 | 217 |
| Porto Santo | 1,33 | 69 | 81 |
| São Brás de Alportel | 1,28 | 133 | 303 |
| Monchique | 1,26 | 64 | 115 |
| Paços de Ferreira | 1,21 | 686 | 6600 |
| Avis | 1,20 | 51 | 119 |
| Santa Cruz | 1,19 | 541 | 900 |
| Odemira | 1,17 | 290 | 862 |
| Portimão | 1,11 | 616 | 1724 |
| Lagoa | 1,04 | 237 | 547 |
| Machico | 1,00 | 199 | 322 |
| Carrazeda de Ansiães | 0,97 | 55 | 100 |
| Torre de Moncorvo | 0,91 | 70 | 277 |
| Funchal | 0,78 | 813 | 1569 |
| Proença-a-Nova | 0,78 | 57 | 171 |
| Ribeira Brava | 0,72 | 90 | 175 |
| Ponta do Sol | 0,62 | 53 | 90 |
| Vila do Bispo | 0,58 | 30 | 123 |
| Calheta | 0,54 | 59 | 101 |
| Porto Moniz | 0,51 | 12 | 23 |
| Lagoa - Açores | 0,48 | 70 | 213 |
| Santana | 0,46 | 31 | 69 |
| Corvo | 0,43 | 2 | 2 |
| Ponta Delgada | 0,38 | 258 | 765 |
| Aljezur | 0,38 | 21 | 61 |
| Santa Cruz das Flores | 0,28 | 6 | 7 |
| Horta | 0,27 | 39 | 67 |
| Praia da Vitória | 0,23 | 48 | 173 |
| Lajes das Flores | 0,21 | 3 | 3 |
| Povoação | 0,20 | 12 | 68 |
| Angra do Heroísmo | 0,18 | 62 | 348 |
| Nordeste | 0,16 | 8 | 57 |
| São Vicente | 0,16 | 8 | 35 |
| Madalena | 0,15 | 9 | 20 |
| Lajes do Pico | 0,13 | 6 | 7 |
| Vila do Porto | 0,11 | 6 | 19 |
| Calheta - Açores | 0,09 | 3 | 26 |
| Santa Cruz da Graciosa | 0,07 | 3 | 15 |
| São Roque do Pico | 0,06 | 2 | 10 |
| Velas | 0,00 | 0 | 19 |