| Concelho | Novos casos por 100 mil habitantes de 13 a 26 de janeiro |
| Penedono | 7487 |
| Castelo de Vide | 6646 |
| Aguiar da Beira | 6363 |
| Sernancelhe | 5801 |
| Tábua | 4029 |
| Góis | 3758 |
| Alfândega da Fé | 3714 |
| Almeida | 3671 |
| São João da Pesqueira | 3607 |
| Penalva do Castelo | 3472 |
| Boticas | 3361 |
| Vouzela | 3275 |
| Melgaço | 3262 |
| Paredes de Coura | 3234 |
| Figueira de Castelo Rodrigo | 3223 |
| Sátão | 3126 |
| Mêda | 3118 |
| Caminha | 3105 |
| Ponte da Barca | 3077 |
| Arcos de Valdevez | 2953 |
| Cuba | 2938 |
| Moimenta da Beira | 2907 |
| Penacova | 2892 |
| Castro Marim | 2822 |
| Fornos de Algodres | 2783 |
| Tarouca | 2781 |
| Oliveira de Frades | 2778 |
| Vila Nova de Paiva | 2774 |
| Ansião | 2758 |
| Armamar | 2704 |
| Redondo | 2644 |
| Campo Maior | 2616 |
| Rio Maior | 2611 |
| Mogadouro | 2586 |
| Alvaiázere | 2577 |
| Setúbal | 2575 |
| Arronches | 2553 |
| Manteigas | 2494 |
| Ponte de Sor | 2461 |
| Sever do Vouga | 2445 |
| Castro Daire | 2402 |
| Alcácer do Sal | 2384 |
| Ponte de Lima | 2345 |
| Ferreira do Zêzere | 2337 |
| Coimbra | 2302 |
| Mealhada | 2295 |
| Estremoz | 2286 |
| Pinhel | 2279 |
| Viseu | 2270 |
| Alcanena | 2233 |
| São Pedro do Sul | 2220 |
| Murça | 2178 |
| Arganil | 2152 |
| Tomar | 2147 |
| Vila Franca de Xira | 2141 |
| Vila Real de Santo António | 2139 |
| Vila Nova de Foz Côa | 2137 |
| Vila Flor | 2118 |
| Arruda dos Vinhos | 2102 |
| Mafra | 2101 |
| Trancoso | 2096 |
| Vinhais | 2091 |
| Pampilhosa da Serra | 2081 |
| Sintra | 2081 |
| Vieira do Minho | 2044 |
| Loures | 2038 |
| Moura | 2034 |
| Barcelos | 2015 |
| Miranda do Corvo | 2014 |
| Odivelas | 2003 |
| Palmela | 2003 |
| Vila Nova de Cerveira | 1998 |
| Tondela | 1992 |
| Nelas | 1981 |
| Reguengos de Monsaraz | 1977 |
| Montemor-o-Novo | 1975 |
| Lisboa | 1965 |
| Alandroal | 1963 |
| Miranda do Douro | 1962 |
| Borba | 1960 |
| Ribeira de Pena | 1945 |
| Póvoa de Varzim | 1942 |
| Vale de Cambra | 1937 |
| Viana do Alentejo | 1924 |
| Porto de Mós | 1916 |
| Condeixa-a-Nova | 1895 |
| Benavente | 1872 |
| Amadora | 1866 |
| Ourém | 1862 |
| Vila Verde | 1850 |
| Mangualde | 1848 |
| Celorico de Basto | 1843 |
| Arraiolos | 1833 |
| Póvoa de Lanhoso | 1828 |
| Aljustrel | 1819 |
| Guarda | 1812 |
| Almada | 1810 |
| Torres Vedras | 1808 |
| Valença | 1806 |
| Ovar | 1801 |
| Mirandela | 1788 |
| Sesimbra | 1786 |
| Salvaterra de Magos | 1784 |
| Vila do Conde | 1784 |
| Castelo Branco | 1777 |
| Lamego | 1767 |
| Nazaré | 1765 |
| Figueiró dos Vinhos | 1760 |
| Beja | 1757 |
| Almeirim | 1748 |
| Penamacor | 1746 |
| Sobral de Monte Agraço | 1746 |
| Pombal | 1735 |
| Águeda | 1732 |
| Seixal | 1732 |
| Oeiras | 1724 |
| Fundão | 1698 |
| Gavião | 1686 |
| Penela | 1686 |
| Covilhã | 1680 |
| Esposende | 1671 |
| Oliveira do Hospital | 1667 |
| Vila Nova de Famalicão | 1658 |
| Barreiro | 1654 |
| Santa Maria da Feira | 1654 |
| Barrancos | 1652 |
| Guimarães | 1650 |
| São João da Madeira | 1608 |
| Moita | 1607 |
| Vila Viçosa | 1607 |
| Montemor-o-Velho | 1594 |
| Loulé | 1590 |
| Cantanhede | 1585 |
| Baião | 1579 |
| Grândola | 1578 |
| Viana do Castelo | 1567 |
| Peniche | 1566 |
| Torres Novas | 1560 |
| Monção | 1556 |
| Batalha | 1541 |
| Oliveira de Azeméis | 1533 |
| Carregal do Sal | 1532 |
| Azambuja | 1528 |
| Santarém | 1522 |
| Seia | 1520 |
| Estarreja | 1519 |
| Fronteira | 1513 |
| Óbidos | 1502 |
| Celorico da Beira | 1501 |
| Valpaços | 1491 |
| Alenquer | 1489 |
| Montalegre | 1489 |
| Bragança | 1482 |
| Monforte | 1479 |
| Vila Nova de Poiares | 1470 |
| Gouveia | 1469 |
| Anadia | 1467 |
| Faro | 1462 |
| Cascais | 1440 |
| Espinho | 1430 |
| Peso da Régua | 1420 |
| Alcobaça | 1419 |
| Alcochete | 1415 |
| Coruche | 1414 |
| Trofa | 1411 |
| Tavira | 1398 |
| Elvas | 1383 |
| Marvão | 1364 |
| Fafe | 1361 |
| Braga | 1350 |
| Évora | 1339 |
| Amarante | 1327 |
| Santo Tirso | 1325 |
| Resende | 1322 |
| Vila Real | 1319 |
| Albufeira | 1315 |
| Belmonte | 1313 |
| Lourinhã | 1303 |
| Leiria | 1300 |
| Cabeceiras de Basto | 1293 |
| Terras de Bouro | 1289 |
| Lousã | 1288 |
| Gondomar | 1287 |
| Sabugal | 1285 |
| Ourique | 1281 |
| Arouca | 1269 |
| Aveiro | 1252 |
| Santa Comba Dão | 1244 |
| Freixo de Espada à Cinta | 1243 |
| Alter do Chão | 1232 |
| Oliveira do Bairro | 1227 |
| Castanheira de Pêra | 1224 |
| Portel | 1218 |
| Felgueiras | 1205 |
| Vendas Novas | 1199 |
| Montijo | 1198 |
| Chamusca | 1196 |
| Mértola | 1189 |
| Caldas da Rainha | 1173 |
| Vizela | 1168 |
| Mação | 1165 |
| Amares | 1164 |
| Entroncamento | 1160 |
| Ílhavo | 1152 |
| Sardoal | 1149 |
| Albergaria-a-Velha | 1139 |
| Murtosa | 1129 |
| Porto | 1121 |
| Valongo | 1109 |
| Santa Marta de Penaguião | 1106 |
| Soure | 1104 |
| Chaves | 1103 |
| Bombarral | 1091 |
| Cinfães | 1091 |
| Cartaxo | 1090 |
| Vila Pouca de Aguiar | 1087 |
| Olhão | 1085 |
| Constância | 1067 |
| Sabrosa | 1065 |
| Tabuaço | 1061 |
| Vila Nova de Gaia | 1059 |
| Crato | 1055 |
| Penafiel | 1055 |
| Portalegre | 1037 |
| Castelo de Paiva | 1029 |
| Macedo de Cavaleiros | 1020 |
| Mortágua | 1011 |
| Alvito | 1009 |
| Figueira da Foz | 1009 |
| Matosinhos | 995 |
| Ferreira do Alentejo | 994 |
| Vagos | 972 |
| Abrantes | 965 |
| Maia | 961 |
| Golegã | 955 |
| Alpiarça | 949 |
| Mondim de Basto | 936 |
| Almodôvar | 922 |
| Castro Verde | 921 |
| Marinha Grande | 899 |
| Lousada | 890 |
| Pedrógão Grande | 880 |
| Lagos | 869 |
| Santiago do Cacém | 868 |
| Sertã | 864 |
| Paredes | 834 |
| Ribeira Grande | 823 |
| Marco de Canaveses | 821 |
| Vila de Rei | 813 |
| Alijó | 809 |
| Nisa | 808 |
| Vila Nova da Barquinha | 804 |
| Mira | 778 |
| Vila Velha de Ródão | 763 |
| Sines | 751 |
| Mora | 749 |
| Sousel | 748 |
| Silves | 743 |
| Alcoutim | 741 |
| São Brás de Alportel | 720 |
| Cadaval | 717 |
| Porto Santo | 692 |
| Avis | 683 |
| Vila Franca do Campo | 670 |
| Paços de Ferreira | 668 |
| Mesão Frio | 656 |
| Idanha-a-Nova | 647 |
| Serpa | 636 |
| Mourão | 612 |
| Odemira | 583 |
| Portimão | 566 |
| Lagoa | 549 |
| Vimioso | 547 |
| Torre de Moncorvo | 546 |
| Vidigueira | 526 |
| Machico | 520 |
| Oleiros | 500 |
| Carrazeda de Ansiães | 494 |
| Proença-a-Nova | 452 |
| Ribeira Brava | 378 |
| Funchal | 373 |
| Vila do Bispo | 369 |
| Santa Cruz | 314 |
| Ponta do Sol | 303 |
| Santana | 283 |
| Câmara de Lobos | 258 |
| Calheta | 230 |
| Corvo | 216 |
| Lajes das Flores | 205 |
| Aljezur | 197 |
| Ponta Delgada | 191 |
| Santa Cruz das Flores | 185 |
| Lagoa - Açores | 149 |
| Porto Moniz | 128 |
| Praia da Vitória | 122 |
| Povoação | 118 |
| Lajes do Pico | 111 |
| Horta | 103 |
| Monchique | 98 |
| Angra do Heroísmo | 86 |
| Vila do Porto | 71 |
| Madalena | 68 |
| Calheta - Açores | 63 |
| São Roque do Pico | 61 |
| São Vicente | 58 |
| Santa Cruz da Graciosa | 24 |
| Nordeste | 21 |
| Velas | 0 |