Meses depois da queda do Banco Espírito Santo (BES), a 3 de agosto de 2014, João da Costa Pinto assume a presidência do conselho de auditoria do Banco de Portugal (BdP). A convite do governador, coordena uma comissão de avaliação à supervisão feita pela instituição no caso BES. Desta avaliação resultou um relatório de 600 páginas, que nunca foi divulgado. Até hoje, a única parte conhecida do documento são as recomendações feitas ao BdP. Desde então, o Banco de Portugal garante que ponderou todas as recomendações, mas não esclarece quantas concretizou.