O diploma determina ainda casos de isenção do pagamento da taxa de saúde e segurança alimentar, nomeadamente a "estabelecimentos com uma área de venda inferior a 400 metros quadrados ou pertencentes a microempresas, desde que não pertençam a uma empresa que utilize uma ou mais insígnias ou esteja integrada num grupo, e que disponham, a nível nacional, de uma área de venda acumulada igual ou superior a 2.000 metros quadrados".

O valor da taxa está ainda por determinar, tendo sido remetido para uma portaria a publicar posteriormente: "É devido o pagamento, pelos estabelecimentos de comércio alimentar de produtos de origem animal e vegetal, frescos ou congelados, transformados ou crus, a granel ou pré-embalados, de uma taxa anual, cujo valor é fixado por portaria do membro do Governo responsável pela área da agricultura, tendo por base, designadamente, a área de venda do estabelecimento", lê-se no artigo 9.º do diploma.

O documento determina ainda contra-ordenações, como coimas de 2.500 a 44.890 euros, em caso de não pagamento, por exemplo, ou de metade daqueles valores em caso de negligência.

As portarias que criam o regulamento de gestão do Fundo, dirigido pelo director-geral de Alimentação e Veterinária, e o valor da taxa de saúde e segurança alimentar, respectivamente, serão aprovadas num prazo de 30 dias após a entrada em vigor do decreto-lei em causa.