A entrega de uma autodeclaração de doença seguida de um certificado de incapacidade temporária (baixa) está a gerar a perda de seis dias de salário, quando tal não deveria acontecer. Uma notícia do Jornal de Notícias dá o exemplo de uma família em Valongo em que foram pedidos estes dois documentos e perdidos seis dias de salário, em vez de três como estará definido na lei.

De acordo com o Ministério do Trabalho, Solidariedade e Segurança Social, existe uma exceção legal em que o trabalhador só deve ser abrangido por um destes períodos. Na visão do Ministério, existiu uma falta de comunicação entre os sistemas de Saúde e da Segurança Social, uma vez que a autodeclaração e a baixa são de tutelas distintas.

De acordo com o JN, fonte que esteve ligada ao processo das autodeclarações de doença disse que o encadeamento automático destes dois períodos chegou a ser operacionalizado pelos Serviços Partilhados do Ministério da Saúde, ainda durante a primeira Direção Executiva do SNS. Contudo, após a saída da equipa liderada por Fernando Araújo, ficaram processos por "consolidar", o que pode estar a gerar esta falta de comunicação entre sistemas.