O Ministério Público (MP) avançou com um processo de investigação relativo à privatização da TAP, em 2015, ano em que o consórcio Atlantic Gateway acabou por garantir o controlo maioritário da companhia. A ação do MP foi materializada através de buscas em 25 locais, entre empresas e sociedades de advogados, relacionadas com a venda de 61% da TAP pela Parpública ao grupo liderado por David Neeleman e Humberto Pedrosa.  As suspeitas recaem sobre a "subsequente capitalização daquela entidade [TAP] com fundos provenientes de um financiamento acordado, em momento prévio à aquisição, entre a Airbus e a DGN Corporation (acionista da Atlantic Gateway)".

A "Operação Voo TP789" foi desencadeada, segundo a própria entidade, por "factos participados ao Ministério Público em dezembro de 2022", depois do então ministro dos Transportes, Pedro Nuno Santos, pedir uma auditoria interna à companhia. O relatório da Inspeção-Geral das Finanças, pedido por Fernando Medina, dizia, alegadamente, que a TAP teria sido comprada com dinheiro próprio.

"O objeto da investigação estende-se, também, às decisões contratuais tomadas por acordo entre a Airbus e a DGN Corporation, em data anterior à da venda direta, com vista à aquisição pela TAP S.A. de 53 novas aeronaves, e ao cancelamento de encomendas formalizadas em 2005, no contexto de suspeitas de que estas opções contratuais possibilitaram aquisição da participação social da companhia pelo consórcio Atlantic Gateway, e a respetiva capitalização, com recurso a financiamento externo, a pagar pela própria companhia e com prejuízos para a mesma", lê-se na explicação do Ministério Público, referindo-se ao que foi apelidado de fundos Airbus, com um custo de 226 milhões de dólares, e que terá justificado a compra da companhia com o próprio dinheiro, ainda que o inspetor-geral de Finanças, António Ferreira dos Santos, tenha negado que tal suposição constasse no relatório.

Em comunicado, o Grupo Barraqueiro mostrou "total confiança e tranquilidade" com a sua participação na TAP, admitindo colaborar com as autoridades, algo que a companhia disse estar a fazer. Já o Governo está mais focado em avançar para a reprivatização, ainda que assuma que este escrutínio cumpre um "Estado de Direito", enquanto o Presidente da República pediu uma análise completa e rápida. Em causa estão eventuais "crimes de administração danosa, participação económica em negócio, corrupção passiva no setor privado, fraude fiscal qualificada e fraude à Segurança Social qualificada".