A pior crítica vai para o relacionamento entre o Governo e o Conselho Nacional de Saúde Pública (órgão de consulta do Governo) e entre o Governo e o Infarmed. Sobre o CNSP, o relatório avança que não se fez devido uso da expertise desta instituição. Já quanto às reuniões com o Infarmed, o Governo “criou a ilusão de que a audição individual de peritos, sem o benefício de uma síntese científica qualificada, constituía uma forma real e idónea de aconselhamento científico para as decisões políticas”. Nesse sentido, acabou fazendo a “sua própria síntese (política) de contributos técnico-científicos individuais ouvidos”.